สถาบันวิจัยและพัฒนามหาวิทยาลัยศิลปากรเดิมชื่อ”โครงการสถาบันวิจัยมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์” ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2520 เพื่อเป็นหน่วยงานกลางในการดำเนินการและประสานงานด้านการวิจัย ต่อมาในปี พ.ศ. 2521 ได้เปลี่ยนชื่อโครงการ เป็น “โครงการจัดตั้งศูนย์วิจัย” เพื่อขยายขอบข่ายงานให้ครอบคลุม ทุกสาขาวิชาในมหาวิทยาลัย และในปี พ.ศ. 2526 ได้กำหนดแนวทางการวิจัยเพื่อมุ่งเน้นให้ความสำคัญ กับภูมิภาคตะวันตก 8 จังหวัด ซึ่งประกอบด้วย นครปฐม สมุทรสาคร กาญจนบุรี เพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์ สมุทรสงคราม ราชบุรี และสุพรรณบุรี
สถาบันวิจัยและพัฒนาจัดตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อปี พ.ศ. 2534 เป็น หน่วยงานที่มีฐานะ เทียบเท่าคณะวิชาในมหาวิทยาลัยศิลปากร ทำหน้าที่เป็น ศูนย์กลางการ บริหารและประสานงาน ด้านการวิจัยพื้นฐานและการวิจัย ประยุกต์ ให้คำปรึกษาจัดหาและ บริการข้อมูลด้านการวิจัย และพัฒนา
ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ครั้งที่ 8/2561 เมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ.2561 เห็นควรยุบเลิกสถาบันวิจัยและพัฒนา มหาวิทยาลัยศิลปากร โดยมีผลตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศ ในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 16 มกราคม พ.ศ.2562 และให้มีการจัดตั้งสำนักงานบริหารการวิจัย นวัตกรรมและการสร้างสรรค์ ขึ้นเป็นหน่วยงานภายในระดับกองที่มีภาระหน้าที่เฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยโดยให้สังกัดสำนักงานอธิการบดี เพื่อทำหน้าที่แทนสถาบันวิจัยและพัฒนา มีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 17 มกราคม พ.ศ.2562 ทำงานเชื่อมประสานงานระหว่างนักวิจัยในมหาวิทยาลัย โดยมีภาระหน้าที่สอดคล้องกับแผนพัฒนามหาวิทยาลัยศิลปากรในการพัฒนาความเป็นสากลของมหาวิทยาลัย รองรับการจัดอันดับมหาวิทยาลัย (University Ranking) และ QS Stars Rating รวมถึงการเป็นที่พึ่งของชุมชน สังคมและประเทศชาติ โดยมุ่งเน้นให้มหาวิทยาลัยผลิตงานวิจัยที่มีคุณภาพ สามารถนำผลงานวิจัยไปใช้ประโยชน์ต่ออุตสาหกรรมและชุมชน แก้ปัญหาของประเทศ และสร้างความเข้มแข็งแก่ระบบวิจัยของประเทศ ในการพัฒนาระบบและกลไกเพื่อการพัฒนาบุคลากรด้านการวิจัยและหน่วยวิจัย การบริหารทุนวิจัย การประเมินผลและการเผยแพร่ผลงานวิจัย ตลอดจนสนับสนุนและให้คำปรึกษาแก่ส่วนงานและหน่วยงานต่างๆ