มหาวิทยาลัยศิลปากร มีแนวทางการวิจัยเพื่อมุ่งเน้นให้ความสำคัญ กับภูมิภาคตะวันตก 8 จังหวัด ซึ่งประกอบด้วย นครปฐม สมุทรสาคร กาญจนบุรี เพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์ สมุทรสงคราม ราชบุรี และสุพรรณบุรี
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยศิลปากรได้ขยายขอบเขตของการวิจัย ซึ่งเดิมเน้นวิจัยและพัฒนาในพื้นที่ภูมิภาคตะวันตก มุ่งสู่การวิจัยพื้นฐาน (Basic Research) และการวิจัย ประยุกต์ (Applied Research) เพื่อสร้างองค์ความรู้ทั้งส่วนที่เป็นท้องถิ่น สังคม วัฒนธรรมไทย และสากล ทั้งประยุกต์องค์ความรู้สู่การปฏิบัติพัฒนาให้แก่ท้องถิ่นสังคมไทยและสากล เช่นกัน ทั้งนี้เพราะสภาพของ มหาวิทยาลัยศิลปากรเป็นมหาวิทยาลัยที่มุ่งตอบสนองสังคมทุกๆ ส่วนของประเทศ และต้องก้าวหน้าไปพร้อมๆ กับสถาบันอุดมศึกษานานาชาติ