กองคลัง เดิมมีฐานเป็น "แผนกคลังและพัสดุ" สังกัดกองกลาง สำนงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยศิลปากร และในปีพ.ศ.2534 ได้มีการปรับปรุงแบ่งส่วนราชการโดยทบวงมหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้
ยกฐานะขึ้นเป็น "ฝ่ายคลัง" สังกัดกองกลางเช่นเดิม ต่อมา สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 5/2550 วันที่ 12 กันยายน 2550 เห็นชอบให้จัดตั้ง "กองคลัง" เป็นหน่วยงานในกำกับในสำนักงาน
อธิการบดี ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2550 ตามประกาศมหาวิทยาลัยศิลปากร เรื่อง การจัดตั้งแบ่งหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร (ฉบับที่1) พ.ศ.2550 ลงวันที่ 17 กันยายน พ.ศ.2550
โดยแบ่งหน่วยงานในกองคลังเป็น 4 งานดังนี้
1.งานบัญชี
2.งานการเงิน
3.งานงบประมาณ
4.งานพัสดุ
กองคลัง เป็นหน่วยงานหลักที่ควบคุมดูแลและดำเนินการด้านงบประมาณ พัสดุ การเงิน และบัญชี ของมหาวิทยาลัยให้เป็นไปตามกฏหมาย ระเบียบและข้อบังคับของทางราชการ เป็นศูนย์กลางข้อมูล ข่าวสารทางด้านการตลังและพัสดุ ให้การบริการทางด้านการเงินแก่คณาจารยน์ บุคลการ นักศึกษา ทำหน้าที่ประสานงานกับหน่วยงานภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย